Cuatro funcionarios del primer gobierno del FMLN y la misma ex pareja presidencial han sido llevados ante la justicia por presuntos malos manejos de los dineros provenientes de las administraciones públicas en las que trabajaron, siendo esta la mayor cosecha de funcionarios y ex funcionarios procesados por investigaciones de la Fiscalía General de la República.
Desde que Mauricio Funes dejó la administración del Estado, se han presentado estos seis casos en los que se tiene como denominador común las sospechas sobre el mal manejo de dinero.
Estos señalamientos han llevado a los líderes de la izquierda a acusar al actual fiscal general, Douglas Meléndez, de actuar parcializado ya que, según ellos, no se le ha dado continuidad a diferentes casos de corrupción que vinculan a miembros de la derecha, especialmente del partido ARENA.
Algunos otros consideran curioso que a pesar de avisos y denuncias de casos de presunta corrupción de altos funcionarios del FMLN, como José Luis Merino y Sigfrido Reyes, la Fiscalía tampoco actúe sobre la alta dirigencia del partido de izquierda.
No obstante de los exfuncionarios o funcionarios procesados, ninguno tiene un vínculo directo con la dirigencia histórica del partido y a excepción de Mauricio Funes, el resto de  procesados fungieron en cargos de segundo grado.

Leonel Flores
El primero de los funcionarios de Funes que se enfrentó a la justicia fue el doctor Leonel Flores quien fue director del Instituto Salvadoreño del Seguro Social (ISSS) a quien se le acusó de no poder justificar $812,740.62.
En este proceso, también se incluyó a la esposa de Flores. Ambos fueron declarados responsables de los señalamientos y condenados a reintegrar el monto señalado. Flores no puede ser funcionario público por 10 años.

Mauricio Funes y Vanda Pignato
La primera pareja presidencial del FMLN ha sido señalada también por enriquecimiento ilícito, ya que luego del estudio a la declaración de probidad se determinó que $728,329.74  no fueron justificados. 
En el proceso también se incluyó a uno de los hijos de Funes, Diego Roberto. Los tres siguen a la espera de la resolución del caso ya que el hecho que el exmandatario este asilado en Nicaragua complica el proceso.

Nelson Rauda
El exdirector de Centros Penales en tiempos de Funes es cuestionado por dos casos: Tregua y tiendas en las cárceles. Rauda habría sido el que autorizó los ilícitos que se dieron en las prisiones en los procesos de pacificación promovidos por la administración Funes.
Según lo denunciado, el funcionario utilizó $65,937.61  los cuales invirtió, según los documentos, en pago de informantes, algo que no estaría amparado por la ley. Actualmente, se ha ordenado juicio en su contra por el caso Tregua y ha sido enviado a audiencia preliminar por caso de pago de tiendas.

Rodil Hernández
Rodil Hernández está siendo procesado por el supuesto mal uso de $5.6 millones provenientes de las tiendas de las cárceles del país. 
El proceso ha pasado a la etapa de instrucción y deberá esperar varios meses para que se realicen las investigaciones pertinentes. El tribunal que ve el caso ordenó procesarlo en libertad.

Jaime Rodríguez
"La Chelona" fue el presidente del Instituto Nacional de los Deportes (INDES) y se le señala de haber mal usado $125 mil, los cuales dio a la alcaldía de Santa Tecla en gobiernos del FMLN, cuando el actual vicepresidente de la República, Óscar Ortiz, era el alcalde de la comuna tecleña. 
Rodríguez se habría instalado desde hace unos meses en Estados Unidos y hasta la fecha no hay orden de captura en su contra. En una semana, se celebrará la audiencia inicial.